テンプレートを使用するときに、ファイルを追加することはできますか？

はい、可能です。
​テンプレート使用時に、都度、内容が変わる書類（例えば見積書など）を追加することができます。
また、一斉送信を利用する際にも、ファイルを追加することができます。

※追加した書類にフィールドを設置することはできません。
※テンプレートを使って書類を送信する方法について、詳しくはこちら